Ситуация стандартная для военкоматов, которые пытаются создать видимость законной процедуры без соблюдения формальностей. Разберем по пунктам.

Факт, что вы явились по первоначальной повестке, не порождает автоматической обязанности делать что-либо еще без отдельных повесток. Согласно ст. 31 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе», явка на медицинское освидетельствование и на военные сборы возможна только на основании повестки, врученной под расписку (либо через реестр заказных писем или Госуслуги с подтверждением получения). Устное указание сотрудника военкомата — ничто.

Решение «об отсутствии необходимости вручения повестки» — это внутренняя техническая пометка, не предусмотренная законом. Она не заменяет вручение повестки. Суды и надзорные органы исходят из того, что отсутствие подписи гражданина на повестке или уведомления о вручении через официальные каналы означает, что обязанность не возникла.

Какие риски, если не пойти на медкомиссию и сборы? Вас могут попытаться привлечь к административной ответственности по ст. 21.5 КоАП РФ (неявка по повестке). Но для этого военкомат должен доказать, что повестка была вручена надлежащим образом. У них нет ни вашей подписи, ни подтверждения получения через Госуслуги (вы пишете, что актуальных повесток в реестре нет). Поэтому протокол, скорее всего, откажутся составлять, либо он будет отменен вышестоящим начальником или судом. Более серьезный риск — военкомат может объявить вас в розыск и обратиться в полицию для привода. На практике это бывает, но без врученной повестки привод тоже незаконен. Однако нервы и время потратите.

Как действовать для минимизации рисков: не ходите по устным указаниям. Ждите письменной повестки на медкомиссию, врученной под подпись или через Госуслуги с уведомлением. Если такая повестка придет — тогда обязанность возникнет. Пока ее нет — вы ничего не нарушаете. При этом зафиксируйте текущее состояние: сделайте скриншоты из реестра, где нет повесток. Если военкомат начнет звонить или писать, отвечайте, что готовы выполнять требования закона, но только после получения повестки в установленном порядке. Жалобу в прокуратуру или в вышестоящий призывной орган писать пока рано, но если последует давление — пишите.