Вы смешали две разные вещи: налоговый режим «самозанятость» и договор ГПХ. Самозанятость — это способ платить налоги, её нельзя «расторгнуть» по договору. Договор ГПХ — это обязательство между вами и заказчиком. Они никак юридически не связаны, даже если вы заключили договор именно как самозанятый.

Что на практике означает «расторгнуть самозанятость по договору ГПХ»? Скорее всего, вы хотите прекратить и договор, и статус. Действуйте раздельно.

Договор ГПХ расторгается так же, как если бы вы были обычным физлицом. Читайте договор: обычно там есть пункт о порядке расторжения. Нет пункта — руководствуйтесь статьями 450-453 ГК РФ. Самый простой и безопасный вариант — подписать с заказчиком соглашение о расторжении. Если заказчик против, отправляйте уведомление заказным письмом. Если договор уже исполнен частично — подписывайте акт сверки и закрывающие документы.

Статус самозанятого прекращается в один клик в приложении «Мой налог». Никаких заявлений в налоговую лично нести не нужно. После снятия с учета вы больше не обязаны платить налог на профессиональный доход, но и чеки выписывать не сможете. Если вы уже получили оплату по договору до снятия с учета — налог за этот доход платить придется, декларацию подавать не нужно, приложение автоматически начислит налог, но только пока вы в статусе.

Важный момент: если вы расторгнете договор ГПХ, но останетесь самозанятым, налоговая это никак не проверит. А если сниметесь с учета, но продолжите работать по тому же договору — заказчик обязан будет удержать с вас НДФЛ как с обычного физлица (13%), либо вы сами подадите декларацию 3-НДФЛ. Это невыгодно, поэтому либо завершайте отношения с заказчиком полностью, либо сохраняйте статус самозанятого до конца работ по договору.

Таким образом, никакого специального «расторжения самозанятости по договору» нет. Расторгайте договор по ГК РФ, а от налогового режима отказывайтесь отдельно через приложение. Не запутывайте себя лишними конструкциями.